Le bâtiment historique qui abrite le musée était à l’origine le Collège du Séminaire San Pío, fondé en 1683 par Frère Juan Tomés de Rocabertí, archevêque de València. L’architecte Juan Bautista Pérez Castiel, maître des travaux de la cathédrale, était responsable de sa conception. Des travaux de construction ont été effectués entre 1683 et 1744, bien que l’église ait été partiellement démolie en 1925.

Le bâtiment a été utilisé à trois fins différentes : une académie des cadets militaires, un centre de bienfaisance, un entrepôt de fournitures de l’armée et un hôpital militaire, jusqu’en 1946 quand il a été choisi pour être utilisé pour le Musée des beaux-arts. Le voyage artistique commence par une sélection des Primitivos Valencianos (peintres médiévaux), qui couvre la période comprise entre la fin du XIVe et le début du XVIe siècle, présentant le travail d’artistes emblématiques comme Alcanyís, Nicolau, Jacomart et Reixach entre autres. Sont également exposées les œuvres de peintres de l’école valencienne tels que Joanes, los Ribalta, Espinosa, Vicente López, Soralla, Pinazo et d’autres.

D’autres expositions comprennent des œuvres de Pintoricchio, Andrea del Sarto, Van Dyck, Murillo, Velázquez, El Greco et Goya. Une vaste collection de dessins et de gravures ainsi que des sculptures, des pièces archéologiques, des fragments architecturaux et quelques exemples d’art portable sont également exposés.